В середине 90-х произошло несколько сокращений Центра. Весной 1998 года, после расформирования 81-ого военно-транспортного авиаполка, на аэродром Иваново-Северный из Печоры был переведен единственный в России 144-ый полк ДРЛО на самолётах А-50. На его базе сформирована 2457 база боевого применения самолётов ДРЛО. С 1996 года на 308 АРЗ осваивают ремонт самолёта Ан-72 и Ан-74, а с конца 2001 года — спортивный самолёт Як-52. С 2005 года ведётся модернизация Як-52 в вариант Як-52М.
В XXI веке на аэродроме несколько раз проводился военно-патриотический фестиваль «Открытое небо».